Prévalence du transport nasopharyngé de Streptococcus pneumoniae, distribution des sérotypes et profils de résistance chez les enfants de l’île de Lombok, Indonésie

Il existe peu de données sur la prévalence du portage pneumococcique, la distribution des sérotypes et les profils de résistance chez l’Indonésie, le quatrième pays le plus peuplé du monde En août, des prélèvements nasopharyngés ont été effectués sur un échantillon d’enfants en bonne santé vivant à l’échelle de l’île. Island, Indonésie Deux cent vingt et un isolats pneumococciques ont été identifiés, pour une prévalence de portage de%; Douze pour cent des isolats étaient non sensibles au sulfaméthoxazole ou au chloramphénicol et% étaient non sensibles à ces deux médicaments. Les organismes non sensibles étaient le plus souvent sérogroupes ou sérotypes, et Lombok a une prévalence modérée de portage pneumococcique et une proportion relativement faible d’isolats résistants Au moins parmi les sérogroupes et sérotypes les plus courants et parmi les sérogroupes et sérotypes non sensibles les plus courants ne sont pas inclus dans le vaccin antipneumococcique conjugué actuel

Streptococcus pneumoniae est l’une des causes les plus fréquentes de morbidité et de mortalité infantiles dans le monde, mais il n’existe pratiquement aucune donnée sur cet organisme en Indonésie, quatrième pays le plus peuplé du monde. En raison de ce manque de données, Cette situation sera difficile à corriger en raison des difficultés logistiques, des dépenses et du temps nécessaire pour acquérir suffisamment d’isolats invasifs pour tirer des conclusions significatives sur la distribution des sérotypes, en particulier en ce qui concerne la distribution des sérotypes. zones rurales pauvres où une proportion substantielle des enfants indonésiens vivent Plusieurs études antérieures ont montré que les sérotypes de transport sont à peu près parallèles aux sérotypes invasifs, bien que le classement diffère De plus, les études de portage ont été reconnues comme une méthode appropriée. Pour fournir De plus, nous avons mené une étude sur le portage du pneumocoque à Lombok, en Indonésie, afin d’estimer la prévalence du portage et les profils de résistance aux antibiotiques.

Patients et méthodes

Saison de novembre à avril La population de millions est majoritairement musulmane et de l’ethnie Sasak Mataram est la plus grande ville, avec une population de ~, L’étude prospective, population-basée a été réalisée dans le cadre d’un haemophilus influenzae type b Hib En bref, nous avons stratifié l’échantillonnage par les districts administratifs de Lombok et ensuite les hameaux choisis au hasard dans chaque région pour un total de hameaux. Dans chaque hameau, nous avons prélevé des échantillons nasopharyngés pour la culture des enfants de chacun des groupes d’âge à & lt; mois, à & lt; mois, et à & lt; mois Nous avons sélectionné les premiers enfants de chaque groupe d’âge à venir dans une clinique pédiatrique connue localement sous le nom de «poste de santé intégré» ou «posyandu». Les enfants atteints de maladie ont été exclus spondylarthrite. que l’évaluation des facteurs de risque prévue Un questionnaire testé sur le terrain a été administré pour recueillir des informations sur les facteurs de risque suivants: sexe; la consommation actuelle de lait maternel; la consommation actuelle d’aliments autres que le lait maternel; la consommation d’aliments pré-mastiqués; utilisation de bois pour la chaleur; utilisation de kérosène pour la chaleur; la présence de quelqu’un qui a fumé des cigarettes dans le ménage; un antécédent de décès d’au moins un enfant dans la famille; des antécédents de maladie, de diarrhée ou de toux au cours des jours précédant la période d’étude; la présence de & gt; autre enfant dans le ménage, et une taille de ménage de ⩾ personnesCollecte de spécimens Travailleurs de terrain placés des écouvillons de calcium à pointe d’alginate Calgiswab; Spectrum Laboratories dans les nasopharynges des sujets de l’étude La profondeur de l’insertion de l’écouvillon était estimée à la moitié de la distance entre le nez et la partie antérieure de l’oreille. L’écouvillon a été immédiatement placé dans le milieu de transport Amies. Méthodologie de laboratoire Des écouvillonnages ont été striés sur de la gélose trypticase soja plus des plaques de sang de mouton le jour même de la collecte. Après incubation pendant la nuit, colonies morphologiquement compatibles avec S pneumoniae petites, grises et mucoïdes entourées d’une zone verdâtre de Avant incubation, un disque d’optochine de -μμg a été placé de manière aseptique au centre de la striure où l’inoculum était le plus dense. Les plaques ont ensuite été incubées pendant une nuit dans un incubateur CO souches α-hémolytiques avec une zone d’inhibition de croissance. de ⩾ mm de diamètre étaient considérés pneumocoques One ou colonies de pneumo présomptifs cocci ont été sélectionnés et congelés à-° C alors que nous attendions les résultats du dépistage de la sensibilité aux antibiotiques et du sérotypage.Le dépistage de la sensibilité aux antibiotiques a été fait par la méthode de diffusion par disque de Kirby-Bauer. Cette méthode implique une estimation de la résistance antimicrobienne. pays en développement Nous avons utilisé des disques antibiotiques comprenant l’oxacilline μg, la céfotaxime μg, le chloramphénicol μg et le sulfaméthoxazole μg; Becton Dickinson Microbiology Systems Le disque d’oxacilline a été utilisé pour dépister la résistance à la pénicilline Les définitions de non-susceptibilité étaient basées sur la taille de la zone d’inhibition comme suit: pénicilline, & lt; mm; céfotaxime, & lt; mm résistant et – mm intermédiaire; le chloramphénicol, & lt; mm; et le sulfaméthoxazole, & lt; Les isolats résistants à l’oxacilline et au céfotaxime, déterminés à l’aide de la diffusion sur disque, ont été soumis à l’hôpital Johns Hopkins pour la détermination de la CMI par l’utilisation de l’Etest. AB BiodiskSelon les méthodes décrites ailleurs , sérogroupes et sérotypes ci-après, les « sérogroupes / types » ont été déterminés au moyen de la méthode d’agglutination au latex avec des antisérums groupés pour les sérogroupes / types Pneumotest; Statens Seruminstitut Cette technique, qui fournit des informations sur% -% des sérogroupes / types communs, a été choisie pour plusieurs raisons. Elle est simple, elle est compatible avec la méthodologie utilisée dans d’autres études de surveillance du monde en développement. En raison de la dépense, Statens Seruminstitut a accepté d’effectuer une détermination de sérotype spécifique pour un nombre limité de spécimens et non d’isolats purs. Nous avons sélectionné des spécimens non isolés pour le transport et le test. Analyse statistique Toutes les analyses ont été effectuées. Pour obtenir des estimations de prévalence plus représentatives de l’ensemble de la population de Lombok, nous avons ajusté l’effet du plan d’échantillonnage de district et de hameau et pondéré en fonction de l’âge et de l’âge. pour la population & lt; ans dans les districts

Résultats

Prévalence Nous avons identifié une prévalence du pneumocoque pondérée en fonction de l’âge et de la population, ajustée en fonction de l’effet de plan, de%; La prévalence du transport ne variait pas entre les districts administratifs du tableau de Lombok, malgré l’existence de différences socioéconomiques importantes entre la région relativement urbaine de Mataram et les régions restantes, qui sont rurales. Aucun des facteurs de risque évalués n’a été évalué. associé au portage pneumococcique au% IC; Les RR variaient entre et pour tous les facteurs de risque évalués, à l’exception de la consommation exclusive de lait maternel RR,

Tableau View largeTélécharger slidePrévalence du portage rhinopharyngien de Streptococcus pneumoniae selon le groupe d’âge, ajusté pour l’effet de plan et pondéré par âge et région d’échantillonnage, Lombok Island, Indonésie, Tableau View largeTélécharger slidePrévalence du portage nasopharyngé de Streptococcus pneumoniae selon le groupe d’âge, ajusté pour l’effet de plan pondérée en fonction de l’âge et de la région d’échantillonnage, île de Lombok, Indonésie,

Tableau View largeTélécharger slidePrévalence du portage rhinopharyngé de Streptococcus pneumoniae selon la région, ajusté pour l’effet de plan et pondéré par âge et région d’échantillonnage, île de Lombok, Indonésie, Tableau View largeTélécharger slidePrévalence du portage nasopharyngé de Streptococcus pneumoniae par région, ajusté pour l’effet de plan et pondéré pour l’âge et la région d’échantillonnage, île de Lombok, Indonésie, sensibilité aux antibiotiques Tous les spécimens dont les pneumocoques ont été identifiés au laboratoire de Lombok ont ​​été testés pour leur sensibilité aux antibiotiques. Quatre% étaient non sensibles à la pénicilline, aucun n’était sensible au céfotaxime et Parmi les isolats identifiés comme non sensibles à la pénicilline par la diffusion sur disque, le laboratoire de référence Johns Hopkins a rapporté que tous avaient des CMI de pénicilline de ⩽ mg / L sensibles et des CMI de céfotaxime de ⩽ mg / L sensible, pour un overal l pénicilline non-susceptibilité prévalence de

Tableau View largeTélécharger la résistance antibactérienne chez des spécimens de Streptococcus pneumoniae des enfants – mois, ajustée pour l’effet de plan et pondérée par l’âge et la région d’échantillonnage, Lombok Island, Indonésie, Tableau View largeTélécharger la résistance aux antibiotiques chez les spécimens de Streptococcus pneumoniae des enfants – mois de âge, ajusté pour l’effet de plan et pondéré selon l’âge et la région d’échantillonnage, Lombok Island, Indonésie, sérotypes Le laboratoire de Lombok a identifié des isolats pneumococciques individuels provenant des spécimens pneumococciques spécimens fournis sérogroupes / types Les sérogroupes / types les plus courants étaient et; Le pourcentage de tous les isolats qui seraient inclus dans le vaccin antipneumococcique conjugué actuel était de 100%. Le laboratoire de référence Statens Seruminstitut a identifié des sérotypes spécifiques dans des échantillons de pneumocoques. Serotypes inclus B, F, A, C , C, B et chacun, et A, A, F, F, B et F chacun; de ces isolats% seraient inclus dans le vaccin antipneumococcique conjugué actuel valide. Un accord entre le Lombok et les laboratoires de référence n’a pas pu être déterminé car ni les spécimens testés à Lombok ni ceux envoyés au laboratoire de référence n’étaient des cultures pures

Tableau View largeTélécharger slideSerogroupe / type de distribution des isolats pneumococciques des enfants âgés de – mois, ajustés pour l’effet de plan et pondérés par âge et région d’échantillonnage, Lombok Island, Indonésie, Tableau View largeTélécharger slideSerogroupe / distribution type des isolats pneumococciques des enfants qui étaient – mois, ajustés pour tenir compte de l’effet de plan et pondérés pour l’âge et la région d’échantillonnage, île de Lombok, Indonésie,

Discussion

À notre connaissance, il s’agit du premier rapport publié d’une étude qui a examiné le portage des pneumocoques chez les enfants en Indonésie et l’une des rares études de portage menées en population. D’autres études en Asie, en Europe et en Amérique du Nord ont révélé % [,, -] Certaines différences entre les populations peuvent être liées à l’échantillonnage ou à la méthodologie de laboratoire Certaines études ont toutefois identifié des facteurs de risque spécifiques, tels que la présence d’enfants plus jeunes ou plus âgés dans le ménage, Le tabagisme, les conditions de vie surpeuplées et la résidence en milieu rural [,,] Les profils de résistance aux antibiotiques trouvés dans les échantillons de chariots fournissent une estimation approximative de ceux trouvés parmi les isolats invasifs [,,], indiquant que les études de portage pneumococcique peuvent être utiles. , tous les pneumocoques testés étaient sensibles à la pénicilline, une constatation conforme aux rapports des régions relativement rurales et sous-développées Cela contraste avec les études dans les zones urbaines de l’Asie du Sud-Est qui ont trouvé une proportion beaucoup plus élevée de non-susceptibilité à la pénicilline, parfois supérieure à% Semblable à des isolats d’autres régions du monde, de nombreuses des isolats non sensibles à Lombok étaient des sérogroupes / types ou [, -] Le principal facteur de risque de développement de pneumocoques résistants est l’utilisation d’antibiotiques , en particulier l’utilisation de faibles doses d’antibiotiques pendant de longues périodes En raison de l’absence de spécimens pneumococciques non détectables dans notre étude, nous n’avons pas pu évaluer correctement les facteurs de risque. Cependant, à Lombok, peu d’enfants fréquentent les garderies, la plupart vivent dans un La région de Mataram et l’utilisation d’antibiotiques sont jugées faibles en raison de la combinaison d’un système de soins médicaux hautement structuré, de la formation aux soins de santé au niveau des villages Il n’existe pas de données sur la distribution des sérotypes pour les isolats invasifs en provenance d’Indonésie et, en raison de la dépense, il est peu probable que l’Indonésie recueille ces informations avant l’introduction. des vaccins antipneumococciques conjugués Certaines études ont montré que les sérotypes de transport sont des sérotypes invasifs similaires, bien que la classification des rangs diffère et que quelques sérotypes soient presque toujours invasifs ; par conséquent, nos données peuvent fournir une approximation de sérotypes cliniquement significatifs à Lombok. Nous avons trouvé que moins de deux tiers des isolats de transport appartenaient à des sérogroupes / types inclus dans les vaccins conjugués valides actuels ou proposés contre le pneumocoque Ceci est compatible avec des rapports d’Asie hors Indonésie qui ont documenté que moins de deux tiers des isolats invasifs appartenaient à des sérotypes inclus dans les vaccins -valent ou -valent En revanche, les sérotypes dans le vaccin -valent causé% -% de pneumococcie invasive dans Premièrement, parce que la résistance aux antimicrobiens à Lombok reste faible, le triméthoprime-sulfaméthoxazole ou l’amoxicilline peuvent continuer à être utilisés comme traitement ambulatoire de première intention pour l’enfance. pneumonie Les études futures devront surveiller les tendances des modèles de résistance aux antimicrobiens à docu Deuxièmement, nos données sur la distribution du sérogroupe ou du sérotype suggèrent que, bien qu’encore substantielle, la proportion de pneumococcie évitable avec les vaccins conjugués actuellement formulés pourrait être moindre à Lombok et peut-être dans d’autres régions de l’Indonésie que dans d’autres Parce que le pneumocoque est l’un des agents étiologiques les plus courants de la pneumonie sévère dans le monde en développement et que la pneumonie est une cause majeure de morbidité et de mortalité infantiles, des différences relativement faibles dans la proportion de pneumococcies évitées peuvent se traduire par un nombre absolu. de résultats défavorables supplémentaires

Remerciements

Nous reconnaissons l’aide de laboratoire du département de microbiologie Jim Dick, de l’hôpital Johns Hopkins de Baltimore et du département de microbiologie M Kaltoft, Statens Seruminstitut, Copenhague