Les variants de petites colonies de Staphylococcus aureus sont indépendamment associés à la pire maladie pulmonaire chez les enfants atteints de fibrose kystique

Contexte La fibrose kystique est associée à diverses bactéries infectant chroniquement les voies respiratoires. Des mutants de Staphylococcus aureus à croissance lente et résistants aux antibiotiques, connus sous le nom de variantes de petites colonies, ont été isolés des sécrétions respiratoires d’adultes européens et d’enfants atteints de mucoviscidose. mais les techniques de culture rarement utilisées Staphylococcus aureus peuvent être sélectionnées par exposition à des antibiotiques spécifiques ou par croissance avec un autre agent pathogène des FC, Pseudomonas aeruginosa Nous avons cherché à déterminer la prévalence, la signification clinique et les mécanismes probables de sélection des SCV de S aureus dans une cohorte américaine. des enfants avec CFMethods Nous avons réalisé une étude d’un an des enfants atteints de mucoviscidose en utilisant des techniques de culture sensibles aux SCVs S aureus, et évalué les associations avec les caractéristiques cliniques en utilisant des modèles de régression multivariée.Résultats Staphylococcus aureus SCV infection a été détectée chez Cette association persistait après ajustement pour l’infection par d’autres agents pathogènes connus de la FK, y compris P aeruginosa et S. aureus résistant à la méthicilline. Des preuves ont montré que les SCV de S. aureus étaient persistants. Probablement sélectionné in vivo par traitement avec l’antibiotique triméthoprime-sulfaméthoxazole et possiblement par co-infection avec P aeruginosaConclusions L’infection par SCV S aureus était indépendamment associée à de plus mauvais résultats respiratoires CF dans cette cohorte pédiatrique Comme de nombreux laboratoires de microbiologie clinique ne détectent pas spécifiquement S aureus SCVs, validation et l’extension de ces résultats nécessiterait des changements généralisés dans les approches de laboratoire et cliniques habituelles de ces bactéries

Fibrose kystique, Staphylococcus aureus, variante de petite colonie, fonction pulmonaire, maladie infantile associée à une infection chronique des voies respiratoires est le principal déterminant de la longévité et de la morbidité chez les personnes atteintes de mucoviscidose Staphylococcus aureus est la bactérie cultivée le plus souvent par les voies respiratoires. [Par la suite, Pseudomonas aeruginosa a été de plus en plus isolé chez les enfants atteints de mucoviscidose, et des études ont établi une association entre P aeruginosa et la maladie pulmonaire mucoviscidose , en grande partie changeante. Les récentes études sur les enfants atteints de mucoviscidose ont révélé une inflammation et une diminution de la fonction pulmonaire similaires au cours de l’infection par S aureus comparativement aux études récentes sur les enfants atteints de mucoviscidose. avec P aeruginosa Ces observations ont conduit à réexaminer S Aureus et son rôle dans la maladie pulmonaire CF Variantes phénotypiques de S aureus appelés variants de petites colonies Les VCS émergent au cours de nombreuses infections chroniques , y compris dans les CF Staphylococcus aureus Les SCV croissent lentement sur la plupart des milieux de laboratoire. confère également une résistance à de nombreux antibiotiques Staphylococcus aureus Les VSE peuvent être sélectionnés in vitro soit par une exposition à long terme à des antibiotiques spécifiques , soit par une croissance avec P aeruginosa , tous deux fréquents dans les voies respiratoires des FC. En raison de leur croissance lente, les SCV de S aureus sont difficiles à détecter à moins d’être spécifiquement recherchés. Actuellement, la plupart des laboratoires cliniques n’utilisent pas les méthodes de culture requises pour détecter les VPC ou pour estimer leur valeur. prévalence et impact clinique Des études récentes menées chez des adultes et des enfants atteints de mucoviscidose en Europe ont révélé des prévalences de S aureus SCV entre [%] d% et associations non ajustées avec fonction pulmonaire inférieure , mais pour plusieurs raisons, ces résultats ne peuvent pas nécessairement être extrapolés à d’autres populations de mucoviscidose Par exemple, les centres CF des États-Unis et d’Europe diffèrent substantiellement dans les traitements antibiotiques et prophylactiques. Les enfants atteints de mucoviscidose diffèrent aussi des adultes par ces facteurs. Nous avons supposé que les SCV de S aureus seraient courants chez les patients pédiatriques américains atteints de mucoviscidose. Pour tester ces hypothèses, nous avons réalisé une étude annuelle de la population de notre hôpital à l’aide de méthodes de culture spécialisées et de registres détaillés de l’utilisation des antibiotiques. Nous nous sommes concentrés sur les enfants en raison de la résistance aux antibiotiques. leur maladie relativement bénigne, leur taux élevé de S aureus, leur exposition relativement faible aux antibiotiques et leur fréquence moins élevée infection à ruginosa par rapport aux adultes, ce qui renforce notre capacité à déterminer les associations avec des pressions de sélection spécifiques et la gravité de la maladie

Méthodes

Étudier le design

Cette étude a été réalisée à l’hôpital pour enfants de Seattle entre et et approuvé par le comité d’examen institutionnel SCH Les patients éligibles à l’inscription étaient ≤ ans, avec un diagnostic documenté de la mucoviscidose, un minimum de visites cliniques CF et des cultures respiratoires au cours des mois précédents. Consentement éclairé / assentiment Les patients ont été exclus pour une transplantation pulmonaire antérieure ou des comorbidités qui pourraient interférer avec l’interprétation des données, p. ex. prématurité, immunodéficience non-FK ou maladie pulmonaire congénitale ou structurale. Des sujets admissibles ont été approchés, consentis et observés prospectivement jusqu’à Moyenne annuelle des visites d’étude par sujet durant les visites trimestrielles régulières des cliniques de FK Les participants ont consigné leur utilisation d’antibiotiques et de mucolytiques dans les journaux recueillis lors des visites d’étude.

Culture d’isolat bactérien et caractérisation

Des échantillons des voies respiratoires expectorations, lavage broncho-alvéolaire ou tampons oropharyngés ont été cultivés pour les agents pathogènes traditionnels de la mucoviscidose et SCV S aureus au Centre de développement des thérapies de la Cystic Fibrosis Foundation financé par la Fondation pour la microbiologie CF. Les méthodes d’électrophorèse sur gel d’électrophorèse en champ sont décrites dans les données supplémentaires.

Analyse des expectorations

Lorsque les expectorants ont été invités à fournir des échantillons d’expectoration par visite, le premier échantillon a été cultivé par le TDN-CCFM. Les extraits d’ADN du second ont été soumis à des analyses microbiologiques moléculaires comme décrit dans les données supplémentaires.

Analyses statistiques

Les données ont été résumées à l’aide de statistiques descriptives Les comparaisons entre sous-groupes de patients ont été effectuées avec des tests t avec variances ou tests inégaux. Modèles de régression linéaire multivariée avec ajustement covariable comparant les différences de fonction pulmonaire entre les patients qui n’ont jamais été positifs. Pendant l’étude, des modèles de régression logistique multivariée avec ajustement covariable ont été utilisés pour évaluer les associations entre la détection du SCV et l’utilisation antérieure d’antibiotiques, l’isolement de P aeruginosa et l’exacerbation pulmonaire définie comme nouvelle administration d’antibiotiques pour les symptômes respiratoires. non ajusté pour des comparaisons multiples Les analyses ont été effectuées à l’aide du logiciel Stata, version StataCorp, College Station, Texas

RÉSULTATS

Caractéristiques cliniques

Cent enfants atteints de mucoviscidose ont été étudiés pendant une moyenne d’années SD, des années; minimum, années; maximum, années Les sujets avaient un moyen de cultures respiratoires au cours de l’étude SD, dont% étaient des prélèvements OP,% d’expectoration, et% de lavage broncho-alvéolaire.

Tableau Données démographiques de la population étudiée à l’inscription N = Caractéristique Non Sexe Masculin Féminin Race Blanc Afro-Américain Amérindien ou Alaska Autochtone Autre Origine Non Hispanique Hispanique Statut pancréatique Insuffisant Suffisante Génotype CFTR Delta F homozygote Delta F hétérozygote Autre Absent Agea – y – y – y Non Moyenne SD Min Médiane Max Hauteur percentile Poids percentile IMC percentileb VEM% préditc FVC% predictedc Caractéristique Non Sexe Mâle Femelle Race Blanc Afro-Américain Amérindien ou A laska Native Autre ethnicité Non hispanique Hispanique Pancreatic status Insuffisant Suffisante CFTR génotype Delta F homozygote Delta F hétérozygote Autre Manquant Agée – y – y – y Non Moyenne SD Min Médiane Max Hauteur percentile Poids percentile IMC percentileb VEM% préditc CVF% préditc Abréviations: IMC , indice de masse corporelle; CFTR, régulateur de la conductance transmembranaire de la fibrose kystique; FEV%, pourcentage du volume expiratoire maximal prévu en seconde; CVF%, pourcentage de capacité vitale forcée prévue; SD, écart typea Moyenne d’âge à l’inscription: années SD,; le minimum, ; maximum, yearsb Les données reflètent les mesures pour les patients qui étaient au moins âgés de plus de 24 ans à l’inscriptionc Les données reflètent les mesures pour les patients qui étaient âgés d’au moins

Microbiologie respiratoire

Le tableau montre la proportion de sujets qui étaient positifs à la culture pour des bactéries spécifiques pendant l’étude soit de manière intermittente ou persistante comme ayant des cultures positives pendant & lt;% et ≥% des trimestres d’âge dans lesquels les cultures ont été effectuées, respectivement, aeruginosa En considérant ces catégories ensemble,% de sujets étaient positifs à la culture durant l’étude pour tout S aureus,% pour SARM, et% pour SCVs S aureus Les VPC des sujets étaient également des SARM% des sujets SCV-positifs Quarante-sept pour cent des Les SCV ont été isolés à partir d’écouvillonnages OP, et% d’expectorations illustrent les modèles de positivité de culture pour SCV S aureus en fonction de l’âge chez les sujets positifs à la culture SCV pendant l’étude En général, les sujets ont tendance à alterner cultures positives et négatives positivité pour les SCV de S aureus, fortement suggérant une sélection et un enrichissement répétés pour les SCV dans chaque sujet, une détection incomplète par les cultures individuelles, ou les deux résultats de culture à l’inscription sont indiqués dans le tableau supplémentaire

Tableau Résultats de culture trimestriels des patients pendant l’étude N = culture bactérienne Résultats n /% b Pseudomonas aeruginosac Intermittent positif Persistant positif Mucoïde P aeruginosad Intermittent positif Staphylococcus aureusc positif permanent Intermittent positif MRSAd positif intermittent positif persistant SCV S aureusd positif intermittent positif persistant Haemophilus influenzae positif intermittent positif persistant Burkholderia cepacia spp positif intermittent positif persistant Stenotrophomonas maltophilia positif intermittent positif persistant Achromobacterxylosoxidans positif intermittent positif persistant Bactérie culture Résultats non /% b Pseudomonas aeruginosac positif intermittent positif positif Pucuginosa P positif intermittent positif persistant Staphylococcus aureusc positif intermittent Positif persistant ive MRSAd Intermittent positif Persistant positif SCV S aureusd Intermittent positif Persistant positif Haemophilus influenzae Intermittent positif Persistant positif Burkholderia cepacia spp Intermittent positif Persistant positif Stenotrophomonas maltophilia Intermittent positif Persistant positif Achromobacterxylosoxidans Intermittent positif Persistant positif Abréviations: MRSA, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; VCC, variole de petite colonie Comprend les cultures effectuées pendant l’étude, les données de culture étant évaluées par quart d’âge défini comme étant le quart d’âge, c’est-à-dire l’âge jusqu’à & lt ;, etc. pour tenir compte de la variabilité du moment et de la fréquence des cultures Jamais positifs, positifs intermittents et positifs persistants ont été définis comme ayant des cultures positives pendant, <%, et ≥% des trimestres d'âge dans lesquels les cultures ont été réalisées, respectivement Quarts moyens par participant dans lequel une culture a été réalisée: écart-type, ; médiane b Non et% sont numériquement équivalents pour cette population de sujets Au cours de l'étude, les sujets% avaient au moins une culture simultanément positive à la fois pour S aureus et P aeruginosad sous-ensemble de P aeruginosa et S aureus, respectivement.

Figure Vue largeTélécharger diapositiveSchimatique de la positivité de la culture pour Staphylococcus aureus variants de petite colonie SCV chez les sujets dont SCV S aureus a été isolé en plusieurs occasions Chaque ligne horizontale de cercles représente une série de résultats de culture de sujets SCV positifs, chacun indiqué par numéro de sujet sur l’axe des ordonnées par trimestre d’âge au cours de l’étude, chaque culture étant représentée par l’âge du sujet au milieu de chaque trimestre d’âge. Les cercles fermés indiquent les cultures positives pour les SCV de S aureus; les cercles vides étaient négatifs Les astérisques rouges indiquent les sujets qui étaient positifs à la culture chez les SCV de S aureus déficients en ménadione ou en hémine. Abréviation: SCV, variante de petite colonieFigure View largeTélécharger diapositiveSchéma de positivité de la culture pour Staphylococcus aureus variants de petite colonie chez les sujets SCV S aureus a été isolé en plusieurs occasions Chaque ligne horizontale de cercles représente une série de résultats de culture de sujets SCV-positifs, chacun indiqué par numéro de sujet sur l’axe des ordonnées par trimestre d’âge pendant l’étude, chaque culture étant représentée par âge le milieu de chaque quart d’âge Les cercles fermés indiquent des cultures positives pour les SCV de S aureus; cercles vides étaient négatifs Les astérisques rouges désignaient des sujets qui étaient positifs à la culture pour des SCV de S aureus déficients en ménadione ou en hémine. Abréviation: SCV, variant de petite colonie Des cultures positives pour SCV de S aureus,% étaient négatives pour S aureus de colonie normale, indiquant que Aucun S aureus n’aurait été détecté sans surveillance par SCV De même,% de ces cultures étaient négatives pour les deux «agents pathogènes standard des FC» les plus couramment cultivés , S aureus des colonies normales et P aeruginosa.

Caractéristiques cliniques associées aux SCV de S aureus

Parmi les sujets ≥ ans qui ont pu réaliser une spirométrie et ont été isolés pendant l’étude, la détection du SCV n’a jamais été associée à des valeurs significativement plus faibles de la fonction pulmonaire mesure le volume expiratoire maximal dans le second pourcentage prédictif du VEMS% du VEMS prédit au début La variation du VEMS prédite était significativement associée à la détection SCV dans un modèle de régression linéaire ajusté en fonction de l’âge et de la fonction pulmonaire au moment de l’inscription Tableau, modèle Contrôle pour En raison des inquiétudes suscitées par la variabilité spirométrique au jour le jour, nous avons répété cette analyse en utilisant la pente du VEM% prédite en incorporant toutes les mesures de l’étude, plutôt que seulement le premier et le dernier, avec des résultats similaires Tableau supplémentaire En revanche, nous n’avons trouvé aucune association significative pour l’une ou l’autre mesure de la fonction pulmonaire déclin ionique et SARM P = et P =, respectivement ou P aeruginosa P = et P =, respectivement en ajustant pour l’âge et l’inscription FEV non représenté

Tableau de la fonction pulmonaire selon le statut de la variante de petite colonie au cours du Studya Caractéristique clinique jamais SCV Positif n = Jamais SCV Positif n = P Valeurb Moyenne SD Moyenne SD Âge d’enrôlement, y FEV% prédit à l’inscription & lt; % FEV prédit lors de la dernière visite & lt; Changement du VEMS prédit sur la période d’étude – – Caractéristique Clinique Jamais SCV Positif n = Jamais SCV Positif n = P Valeurb Moyenne SD Moyenne SD Âge d’inscription, y FEV% prédit à l’inscription & lt; % FEV prédit lors de la dernière visite & lt; Variation du VEMS prédite sur la période d’étude – – Abréviations: VEMS, volume expiratoire maximal par seconde; SCV, variante de petite colonie; SD, écart typea Les données reflètent les participants qui étaient inscrits à l’âge ≥, qui avaient Staphylococcus aureus isolé pendant l’étude et qui ont été observés pendant ≥ année. Chaque participant a été classé comme jamais versus SCV positif basé sur les résultats de culture cumulatifs pendant l’étude. Le VEMS prévu au cours de la période d’étude a été calculé comme valeur à la dernière visite moins la valeur à la première visite. Les valeurs de bPb reflètent des tests avec des variances inégales.

Tableau Variant de petite colonie comme indicateur indépendant du changement dans la fonction pulmonaire pendant la période d’étudea Estimation du coefficient prédictif Différence moyenne du changement du VEM% Prévu sur la période d’étudeb% Intervalle de confiance P Valeur Modèle Toujours SCV positif sur l’étude – -, – Age à inscription – -, – VEM% prédit à l’inscription – -, – Modèle jamais SCV positif à l’étude – -, – Âge à l’inscription – -, – VEM% prédit à l’inscription – -, – Jamais Pseudomonas aeruginosa positif à l’étude -, Modèle Jamais SCV positif à l’étude – -, – Âge à l’inscription -, – VEM% prédit à l’inscription – -, jamais SARM positif à l’étude -, modèle jamais SCV positif à l’étude – -, – Age à l’inscription – -, – VEM% prédit à l’inscription – -, – Ever Stenotrophomonas maltophilia positive sur stu dy -, Modèle Ever SCV positif à l’étude – -, – Âge à l’inscription – -, – VEM% prédit à l’inscription – -, – Exacerbations à l’étude – -, Modèle c Jamais SCV positif à l’étude – -, – Age à l’inscription – -, – VEMS prédits à l’inclusion – -, – Utilisation du TMP-SMX pendant l’étude – Estimation du coefficient prédictif Différence moyenne du VEM% Prévu sur la durée de l’étudeb% Intervalle de confiance P Valeur Modèle Jamais SCV positif à l’étude – – , – Age à l’inscription – -, – VEM% prédites à l’inscription – -, – Modèle jamais SCV positif à l’étude – -, – Âge à l’inscription – -, – VEM% prédite à l’inscription – -, – Jamais Pseudomonas aeruginosa positif à l’étude -, Modèle Ever SCV positif à l’étude – -, – Âge à l’inscription – -, – VEMS prédit à l’inscription -,, – Toujours SARM positif à l’étude -, Modèle jamais SCV positif à l’étude – -, – Âge à l’inscription – -, – VEM% prédit à l’inscription – -, – Jamais Stenotrophomonas maltophilia positif à l’étude -, Modèle Toujours SCV positif à l’étude – -, – Âge à l’inscription – -, – VEM% prédit à l’inscription – -, – Exacerbations à l’étude – -, Modèle c Jamais SCV positif à l’étude – -, – Age à l’inscription -,, – VEMS prédits à l’enrôlement – -, – Utilisation de TMP-SMX pendant l’étude -, Abréviations: VEMS%, volume expiratoire maximal prévu en pourcentage en seconde; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; SCV, variante de petite colonie; TMP-SMX, triméthoprime-sulfaméthoxazole Approcher comme dans le tableau, sauf avec des analyses de régression linéaire distinctes, chacune avec différents ensembles de variables prédictives, comme indiqué Ajuster pour le sexe n’a pas modifié les résultats non montrés Chaque variable confondante potentielle a été évaluée en l’ajoutant à notre base modèle modèle En raison des contraintes de taille des échantillons, nous n’avons pas évalué toutes les variables confusionnelles potentielles simultanémentb Pour les covariables codées comme oui / non comme la culture positive, il s’agit de la différence moyenne de variation du VEMS prédite sur la période d’étude entre les sujets codés Pour les covariables continues, il s’agit de la différence moyenne par unité d’augmentation de la covariable, p. ex., pour l’âge, la différence moyenne par année augmente chez les sujets ayant des données sur les antibiotiques déclarées. Utilisation de TMP-SMXView LargeWe a examiné s’il y avait d’autres différences entre les sujets qui étaient positifs à la culture Comparativement à la culture négative pour SCV S aureus Bien qu’il n’y ait pas d’association entre l’âge et la détection SCV chez les sujets évalués par spirométrie Table, parmi tous les sujets avec S aureus il y avait une association avec l’augmentation de l’âge d’inscription pour ceux jamais n = SCV pendant l’étude vs années, P =, non montrées La fréquence de l’exacerbation respiratoire CF n’a pas été significativement différente pendant la période d’étude entre les sujets qui ont jamais eu une exacerbation; P = ajusté pour l’âge d’inscription, non montré Les résultats étaient similaires pour P aeruginosa P = et SARM P =

Caractéristiques moléculaires des SCV de S aureus

Le type métabolique et le profil de résistance d’un SCV peuvent généralement être prédits à partir de sa condition de sélection. Par exemple, les SCV défectueux dans la production des cofacteurs métaboliques menadione ou hemin peuvent être sélectionnés par les aminoglycosides et l’acide fusidique , résultant en une haute résistance à ces derniers. antibiotiques in vitro Les deux types de SCV peuvent également être sélectionnés par croissance avec P aeruginosa. Les SCV défectueux dans la synthèse de thymidine peuvent être sélectionnés par des antibiotiques sulfonamides tels que le triméthoprime-sulfaméthoxazole TMP-SMX, et ils sont résistants aux TMP- SMX et autres antibiotiques in vitro Tous les SCV S aureus de cette étude ont donc été testés pour une meilleure croissance en gélose par des disques de ménadione, de thymidine ou d’hémine, ou en augmentant les tests d’auxotrophie de CO ; Figure supplémentaire Nous avons trouvé que% étaient auxotrophiques pour la thymidine,% pour l’hémine,% pour la ménadione, et% pour les COA montrés dans le tableau, la détection SCV était significativement associée au traitement TMP-SMX au cours du trimestre précédent; aucune association significative n’a été trouvée pour les aminoglycosides Tableau ou co-infection avec P aeruginosa P =, non montré Une association significative a également été trouvée pour le traitement à la rifampicine, mais ce médicament était habituellement administré avec TMP-SMX, et une analyse plus poussée a montré que TMP-SMX prédicteur de la détection SCV Tableau Ces résultats suggèrent que TMP-SMX sélectionne fortement les SCV de S aureus dans les voies respiratoires des FC, avec une résistance prédite au TMP-SMX et à d’autres antibiotiques

Tableau Détection des variants de petites colonies par rapport aux antibiotiques pendant la période précédente Quartera, b Modèle Predictor OU, SCV Détection% CI Valeur Toute aminoglycoside au cours du trimestre précédent – Toute quinolone au cours du trimestre précédent – Toute β-lactamines au cours du trimestre précédent – Toute TMP-SMX pendant trimestre précédent – & lt; Toute rifampine au cours du trimestre précédent – & lt; Tout TMP-SMX au cours du trimestre précédent – & lt; Toute rifampicine au cours du trimestre précédent – Modèle Predictor OU, SCV Détection% CI P Valeur Tout aminoglycoside au cours du trimestre précédent – Toutes quinolones au cours du trimestre précédent – Toute β-lactamines au cours du trimestre précédent – Toute TMP-SMX au cours du trimestre précédent – & lt; Toute rifampine au cours du trimestre précédent – & lt; Tout TMP-SMX au cours du trimestre précédent – & lt; Toute rifampine au cours du trimestre précédent – Abréviations: IC, intervalle de confiance; OU, odds ratio; SCV, variante de petite colonie; TMP-SMX, triméthoprime-sulfaméthoxazole Les résultats reflètent les trimestres évalués chez les participants avec les données de culture pertinentes et l’utilisation antérieure d’antibiotiques pendant l’étudeb Chacun des modèles logistiques distincts a évalué si la détection de SCV était associée à l’utilisation d’une classe d’antibiotique spécifique Les modèles ont utilisé des estimations robustes de la variance, comptabilisées pour des observations répétées par participant et ajustées pour le trimestre d’âge lorsqu’elles sont cultivéesc. Incluent de vrais β-lactames et des parents structuraux, c.-à-d. carbapénèmes et monobactamines. L’analyse restrictive aux β-lactamines ayant une activité antistaphylococcique significative telle que définie dans le Les résultats non significatifs ne montrent pas l’effet de chaque antibiotique après ajustement pour l’autre antibiotique Dans les cas d’utilisation de la rifampicine au cours de l’étude, le TMP-SMX a été utilisé simultanément.

Pressions de sélection pour les SCV de S aureus

Une analyse plus approfondie des sujets ayant des VSE héminodontaux ou ménadione-auxotrophes% de sujets SCV-positifs a démontré que seulement la moitié avait été récemment traitée avec des aminoglycosides ou TMP-SMX. Cependant, la culture était positive pour P aeruginosa dans les mois précédant l’isolement du SCV; La coïnfection avec P aeruginosa peut donc sélectionner des types métaboliques spécifiques de S aureus SCV, avec une résistance prévue aux aminoglycosides et à d’autres antibiotiques . sous-ensemble de SCV thymidine-auxotrophes a révélé que tous étaient relativement résistants à l’inhibition de la croissance par P aeruginosa comparativement aux isolats de S. aureus clonaux normaux provenant des mêmes patients Figure supplémentaire Par conséquent, la co-infection peut souvent fournir une pression de sélection supplémentaire pour tous les types SCV S aureus , TMP-SMX est couramment utilisé pour traiter le SARM , les espèces de Burkholderia cepacia , ou Stenotrophomonas maltophilia Etant donné les résultats présentés dans le tableau modèle et la rareté du tableau B cepacia, il restait possible que les SCV de S aureus soient un marqueur de S maltophilia Nous avons donc répété nos analyses de la relation entre VEM et SCV Ainsi, la relation entre les SCV de S aureus et les résultats respiratoires n’était pas simplement attribuable au traitement d’autres agents pathogènes des FC communément cultivés, y compris le SARM, le P aeruginosa ou le S maltophilia. Dans cette étude, des associations interdépendantes entre SCV de S aureus, TMP-SMX et fonction pulmonaire ont soulevé la possibilité que le traitement par TMP-SMX soit lui-même un facteur de risque pour une fonction pulmonaire aggravée TMP-SMX a été utilisé dans% des traitements d’exacerbation étude, et par% des sujets de l’étude, beaucoup moins fréquemment que les β-lactamines et similaires à de nombreux autres antibiotiques Tableau supplémentaire Comme le montre le tableau Le modèle de tableau supplémentaire, ajustant nos analyses pour toute utilisation de TMP-SMX pendant l’étude n’a pas changé la force de l’association entre la positivité du VPC et le changement du VEMS prévu. De même, l’ajustement pour l’exacerbation des changer ce modèle d’association Ainsi, l’association entre les VPC et les troubles respiratoires aggravés n’était pas simplement due à l’utilisation du TMP-SMX ou des antibiotiques en général.

Typage génétique SCV

Nous avons utilisé le PFGE pour déterminer si les SCV sont apparus in vivo à partir de lignées de colonies normales préexistantes. Chez chaque sujet positif à la culture SCV, nous avons analysé au moins les SCV SCV des sujets et au moins des isolats de S. Les SCV de S aureus appartenaient à des groupes PFGE distincts Bien que cette analyse porte sur la clonalité au sein de chaque sujet d’étude, une description épidémiologique moléculaire du S aureus dans la population étudiée et une comparaison avec S aureus dans d’autres populations des FC seront présentées. ailleurs Cinq lignées d’isolats de S aureus SCV génétiquement apparentés ont été trouvées chez ≥ des sujets, suggérant que les lignées spécifiques de SCV étaient plus communes que d’autres. Cependant, chez la grande majorité des sujets, un SCV a été isolé après un clonage normal. colonie S aureus, suggérant que les SCV étaient généralement sélectionnés in vivo plutôt que transmis en tant que SCV entre n sujets Dans les cas restants, aucun isolat S aureus de colonie normale apparenté clonalement n’a été identifié chez le même sujet qu’un SCV. Deux de ces SCV étaient génétiquement indiscernables des SCV isolés d’autres sujets, suggérant que, bien que rare, la transmission de SCV ou d’acquisition d’une source commune pourrait avoir eu lieu entre les sujets

Abondance de SCV S aureus

En raison de leur faible croissance, il est possible que les SCV de S aureus soient moins abondants in vivo que leurs homologues des colonies normales, avec des implications pour la croissance et la pathogénicité in vivo et pour la détection. sujets de l’étude aureus positive, – échantillons par sujet, y compris les sujets avec SCV S aureus pendant l’étude L’abondance de Staphylococcus aureus était similaire par qPCR si les SCV étaient présents ou non, [SD,] × unités formant des colonies [CFU] / mL équivalents vs [SD,] × CFU / mL équivalents, respectivement, même parmi les échantillons recueillis lorsque SCVs mais aucune colonie normale S aureus ont été cultivés moyenne, [SD,] × UFC / mL équivalents, ce qui suggère que SCV et S-colonie normale les cellules aureus sont également abondantes dans les voies aériennes des FC

DISCUSSION

les SCV ureus; Les techniques que nous avons utilisées étaient similaires à celles utilisées dans d’autres études, mais d’autres méthodes plus sensibles et / ou spécifiques pourraient être identifiées. L’accord entre notre qPCR et les résultats de la culture était rassurant sur cette question. prédictif de la culture des voies respiratoires inférieures , de futures études seront nécessaires pour déterminer la relation entre la positivité de la culture des VPC dans les voies respiratoires supérieures et inférieures et si la détection dans les deux cas est corrélée avec les résultats.Les SCV de Staphylococcus aureus ont été associés à diverses infections chroniques. plusieurs études ont été menées chez des patients européens atteints de mucoviscidose, la prévalence et les associations cliniques des SCV dans la population pédiatrique actuelle, où les antibiotiques sont rarement administrés à long terme pour une prophylaxie ou un traitement antistaphylococcique, étendent et clarifient ces études antérieures Kahl et al. ] a trouvé une prévalence de S aureus SCV de% sur des années jusqu’à Germa n patients atteints de mucoviscidose adultes et enfants fréquemment traités à long terme par TMP-SMX et en prophylaxie; Besier et al ont trouvé des SCV de S aureus pendant des mois chez% des adultes allemands et des enfants atteints de mucoviscidose qui avaient fréquemment reçu des TMP prophylactiques à long terme et prophylactiques. SMX Ils ont constaté que les sujets atteints de SCV de S aureus présentaient une fonction pulmonaire plus faible, un âge avancé et une plus grande exposition au TMP-SMX, mais ils n’ont pas rapporté d’autres variables, comme P aeruginosa Schneider et al. Il est intéressant de noter que l’étude de Besier et al , dans laquelle les isolats thymidine-auxotrophes étaient relativement moins fréquents que dans la présente étude, a révélé que les SCV de S aureus sont plus fréquents avec la co-infection par P. aeruginosa. peut sélectionner fortement pour les SCV de S aureus dans des contextes spécifiques, comme suggéré ici. La rareté de la culture de laboratoire clinique pour les SCV indique que les médecins ne sont souvent pas conscients de ces problèmes. les infections résistantes aux antibiotiques dans la sélection des traitements pour leurs patients atteints de mucoviscidose, sous-estimant la présence de tous les S aureus et d’un sous-type corrélé à une maladie respiratoire grave. Par conséquent, la surveillance systématique de S aureus SCV fournirait des informations plus complètes pour guider le traitement. les sujets ont continué à recevoir des antibiotiques auxquels on s’attendrait à ce que les VMC soient résistants, comme le TMP-SMX et les aminoglycosides, ce qui indique que les médecins traitants pourraient avoir fait des choix thérapeutiques différents si ces résultats étaient disponibles. observés suggèrent au moins des explications possibles: les VPC sont des agents pathogènes importants dans la mucoviscidose, ou les VPC apparaissent plus fréquemment chez les enfants atteints de maladies pulmonaires plus agressives, qui reçoivent plus d’antibiotiques ciblant les pathogènes traditionnels ou simplement en réponse à leur présentation plus troublante. pas trouver des preuves au-delà des résultats de la fonction pulmonaire La première explication possible dans notre étude; par exemple, aucune association n’a été trouvée entre SCV et exacerbations pouvant indiquer des déterminants différents d’exacerbations de CF et de déclin spirométrique chronique, et trop peu de sujets ont fourni des expectorations pour identifier les différences dans les mesures inflammatoires. Un des nombreux indicateurs de charges antibiotiques plus élevées, peut-être indiqué par un FEV plus faible chez les sujets positifs à la culture SCV. Des relations similaires ont été suggérées pour d’autres bactéries résistantes aux antibiotiques comme le SARM et le P aeruginosa multirésistant aux antibiotiques serait probablement beaucoup plus puissant que les études observationnelles pour clarifier ces relations causales, et pour répondre à la question de savoir si avoir des informations sur la culture de S aureus SCV et / ou traiter spécifiquement les SCV de S aureus améliorerait les résultats. SCV, et leur rapport dans les données de surveillance et En l’absence d’étude plus approfondie, il n’y a pas suffisamment d’informations pour conseiller les changements dans les approches thérapeutiques actuelles. Par exemple, il peut être tentant d’éviter le traitement des patients atteints de mucoviscidose avec TMP-SMX sur la base de ces Ces résultats suggèrent que les SCV doivent être détectés et caractérisés pour faciliter la prise en charge, que l’objectif thérapeutique soit la prévention, l’éradication, la suppression ou non. , ou le traitement d’exacerbation épisodique n’est pas encore clair Indépendamment, des travaux supplémentaires seront nécessaires pour déterminer la meilleure façon de mesurer les susceptibilités des SCV cliniques de S aureus afin d’obtenir une thérapie plus rationnelle directe.

Remarques

Remerciements Nous remercions les participants à l’étude et leurs familles pour leurs contributions inestimables; M Elliott, K Worrell, A Genatossio et J Foster pour l’aide avec la partie clinique de cette étude; et D Vandevanter pour des discussions utiles Soutien financier Ce travail a été soutenu par des subventions de la Fondation de la fibrose kystique HOFFMAP et l’American Thoracic Society CF – Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués