L’association des virus respiratoires nouvellement identifiés avec des infections des voies respiratoires inférieures chez les enfants coréens, –

Contexte Cette étude a été réalisée pour évaluer les associations de virus nouvellement identifiés, à savoir, métapneumovirus humain hMPV, coronavirus humain HCoV-NL, et HBV bocavirus humain HBoV avec infections des voies respiratoires inférieures chez les enfants préalablement en bonne santé Méthodes Pour déterminer les prévalences de virus-virus respiratoire syncytial VRS, adénovirus, rhinovirus, virus parainfluenza PIV et virus de la grippe A et B, hMPV, HCoV, HCoV-NL et HBoV chez les nourrissons ou les enfants atteints de LRTI, en association avec leurs caractéristiques épidémiologiques, nous avons effectué une chaîne multiplexe de la transcriptase inverse réaction sur les aspirations nasopharyngées obtenues chez des enfants âgés de 5 ans ayant des LRTIs -Résultats Les virus ont été identifiés chez% des patients. Le RSV a été détecté en%, HBoV en%, adénovirus en%, PIV- en%, rhinovirus en%, hMPV en% , grippe A en%, PIV- en%, grippe B en%, et HCoV-NL en% Les co-infections par des virus ont été observées chez les patients% Twe Une bronchiolite a été fréquemment diagnostiquée chez des patients séropositifs au VRS, au PIV ou au rhinovirus, alors que la grippe A, le PIV et le HCoV-NL étaient fréquents chez les patients atteints de croup. des patients avec des infections virales ont différé; Le nombre d’infections à hMPV a culminé entre février et avril, tandis que le nombre d’infections à HCoV-NL a culminé entre avril et mai. Conclusions Cette étude décrit les caractéristiques des IRLV associées aux infections nouvellement identifiées. virus chez les enfants, par rapport à ceux associés à des virus connus Des investigations supplémentaires sont nécessaires pour définir le rôle de HBoV dans LRTI

Les maladies respiratoires virales aiguës sont des problèmes de santé majeurs chez les nourrissons et les enfants Traditionnellement, le virus respiratoire syncytial RSV, le virus parainfluenza PIV, le virus grippal et l’adénovirus ont été considérés comme les principales causes des infections aiguës des voies respiratoires inférieures . Outre les virus déjà connus, de nombreux virus respiratoires ont récemment été identifiés comme étant des agents responsables de maladies respiratoires basses chez les enfants syndrome des jambes sans repos. Le rhinovirus, considéré généralement comme une cause de maladies bénignes des voies respiratoires supérieures chez les enfants et les adultes, est maintenant considéré comme une cause majeure de LRTIs aiguës et exacerbations d’asthme Cependant, on ne sait pas dans quelle mesure les rhinovirus contribuent aux IRLR chez les enfants en bonne santé. Plus récemment, de nouveaux virus, tels que le métapneumovirus humain hMPV et le coronavirus humain HCoV-NL Chez les enfants, le virus de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine (HBV) a été identifié dans les voies respiratoires criblage eculaire , mais son rôle en tant qu’agent causal du LRTI reste à prouverPour déterminer les contributions relatives apportées par ces virus respiratoires nouvellement reconnus à LRTIs dans l’enfance et de caractériser leurs caractéristiques épidémiologiques et cliniques, sur une période de plusieurs années – nous avons effectué Plus précisément, nous avons évalué les prévalences relatives et les caractéristiques épidémiologiques des rhinovirus, hMPV, HCoV conventionnel, HCoV-NL et HBoV et comparé ces résultats avec ceux des virus respiratoires courants, tels que le VRS, PIV, adénovirus et virus de la grippe

Patients, matériaux et méthodes

Patients et échantillons respiratoires La population étudiée était composée d’enfants de plusieurs années atteints de LRTI aigu, bronchiolite, pneumonie ou croup. Toutes les maladies ont été diagnostiquées à l’hôpital de l’Université nationale de Séoul en Corée ou à l’hôpital national de Séoul en Corée entre septembre et août. les enfants présentant des facteurs de risque majeurs autres que les épisodes récurrents de respiration sifflante ont été exclus, ainsi que ceux obtenus des enfants hospitalisés. Les définitions diagnostiques étaient les suivantes: pneumonie requise râles à l’auscultation ou à la radiographie thoracique; la bronchiolite était caractérisée par une toux, une tachypnée, une rétraction et des sifflements expiratoires, souvent accompagnés de râles; et le croup a exigé une toux aboyante avec le stridor Le chercheur principal a déterminé le diagnostic clinique sur la base d’un examen des dossiers médicaux menés par des investigateurs Le diagnostic clinique prédominant a été déterminé quand & gt; Les prélèvements nasopharyngiens ont été recueillis de manière prospective sur tous les sujets. Les échantillons ont été prélevés lors d’une visite à l’urgence ou immédiatement après l’hospitalisation. L’ARN viral a été détecté dans les prélèvements rhinopharyngés par RT-PCR Diagnostic viral Les prélèvements nasopharyngés ont été conservés à – ° C L’ARN viral dans les aspirations nasopharyngiennes a été extrait à l’aide d’un kit QIAamp Viral RNA Mini Qiagen, conformément aux instructions du fabricant. L’ADNc a été synthétisé à l’aide d’hexamères aléatoires et les tests RT-PCR ont été développés pour détecter les virus, notamment RSV et PIV. , panel hMPV et rhinovirus, virus grippaux A et B et panel PIV, coronavirus OC et E et panel HCoV-NL, et adénovirus HBoV panel a été détecté par culture en monocouche HEp, car ce test de culture cellulaire a une sensibilité diagnostique similaire à celle de la PCR spécifique à l’adénovirus En bref, μL de l’ARN total a été mélangé w μL d’hexamères aléatoires à une concentration de μM puis incubés à ° C et refroidis sur glace Un mélange réactionnel de μL contenant μL de x tampon de premier brin, μL de dithiothréitol mM, μL de mélange de désoxyribonucléotide triphosphate à une concentration de mM, μL La réaction a été incubée à ° C pendant min et à ° C pendant min, et après une étape de dénaturation à ° C pendant min, l’ADNc a été utilisé comme matrice pour l’inhibiteur de RNase et des unités de transcriptase inverse SuperScript II. PCR subséquente Les mélanges réactionnels -μL étaient constitués de x PCR GeneAmp Buffer Gold Applied Biosystems, Mg MgCl, chaque désoxyribonucléotide triphosphate à une concentration de mM, pmol d’amorces, et d’unités de AmpliTaq Gold DNA polymérase Applied Biosystems Après une incubation de min à ° C, l’amplification a été effectuée à ° C pour min, ° C pour min, et ° C pour min Les amorces utilisées ont été conçues dans cette étude ou modifiées à partir des méthodes publiées pour amplifier les Les produits amplifiés ont ensuite été séparés sur des gels d’agarose et des produits de PCR spécifiques au virus ont été identifiés.

Vue de la table largeTélécharger les séquences d’amorces pour multiplex RT-PCRTable View largeTélécharger les séquences d’amorces pour la RT-PCR multiplexLa sensibilité de la RT-PCR multiplex pour les virus RSV, PIV-, PIV-, hMPV et les virus influenza A et B a été déterminée. cibles utilisant des suspensions de virus dans des milieux de culture cellulaire quantifiés en termes de TCID en utilisant des techniques virologiques standard Tous les échantillons ont été testés par RT-PCR multiplex pour les virus respiratoires et par détection virale et antigène viral pour les virus RSV, PIV-, PIV, adénovirus et virus de la grippe A et B décrits ailleurs Les échantillons ont été considérés comme positifs si les résultats de PCR utilisant des copies d’ARN viral extraites séparément étaient positifs ou si un seul résultat PCR positif était confirmé par culture virale ou immunofluorescence méthodes de détection des antigènes Chaque PCR comprenait de l’eau distillée comme contrôle négatif, ainsi que des contrôles positifs pour les copies correspondantes de virus c ADN dans chaque panelBase de données clinique Les symptômes et les signes respiratoires ont été enregistrés sur un formulaire normalisé lors de la visite au service d’urgence ou pendant l’hospitalisation. Les dossiers médicaux ont été examinés pour déterminer les manifestations cliniques et les conditions sous-jacentes. personne qui n’avait pas connaissance des identités viralesAnalyse statistique Le test γ ou test exact de Fisher a été utilisé pour comparer les échantillons en fonction du pourcentage de chaque sexe, des symptômes et des diagnostics cliniques, et le test U de Mann-Whitney a été utilisé pour comparer âge d’apparition de la maladie entre les différents groupes Les analyses ont été effectuées à l’aide du logiciel GraphPad InStat, version GraphPad Software

Résultats

Caractéristiques du patient Un total d’échantillons d’aspirats rhinopharyngés associés à un diagnostic de LRTI chez des enfants auparavant en bonne santé ont été collectés pendant la période d’étude. Les échantillons testés ont été sélectionnés par un nombre aléatoire parmi la liste des échantillons archivés. pour la RT-PCR après exclusion des échantillons indisponibles et des échantillons répétés prélevés chez un même patient La proportion mensuelle des échantillons sélectionnés variait de% à% du nombre total de spécimens archivés chiffre de la population étudiée,% étaient des hommes L’âge moyen des enfants était de ; % étaient des nourrissons & lt; mois,% étaient – mois,% étaient – mois et% étaient & gt; mois Les échantillons restants qui n’ont pas été sélectionnés pour cette étude ne différaient pas significativement des échantillons sélectionnés en ce qui concerne l’âge moyen au début de la maladie, le sexe, la distribution saisonnière ou le diagnostic clinique

Figure Vue largeTélécharger diapositive Occurrence mensuelle d’infections aiguës des voies respiratoires inférieures associées à des virus respiratoires isolés chez les enfants durant la période -Figure Vue largeTélécharger diapositive Occurrence mensuelle d’infections aiguës des voies respiratoires inférieures associées à des virus respiratoires isolés d’enfants pendant la période -prévalence de La sensibilité de détection du virus pour les virus RSV, PIV-, PIV-, hMPV, et les virus grippaux A et B était plus grande pour la grippe A, avec une valeur de – TCID De même, le test détecté × – TCID de RSV et PIV et TCID des concentrations d’ARN viral détectables PIV, hMPV et influenza B pour le rhinovirus, les coronavirus OC et E, HCoV-NL et HBoV étaient – ng de l’ARN total extrait des surnageants de culture cellulaire ou échantillons cliniques Parmi les échantillons testés,% étaient positifs pour n’importe quel tableau des virus respiratoires. Le taux de détection de la RT-PCR multiplex était En raison des virus supplémentaires qui peuvent être détectés par cette méthode et en raison d’une plus grande sensibilité, comparé à la culture virale ou aux méthodes de détection des antigènes, ces virus positifs ont également été positifs pour d’autres virus, entraînant un taux de co-infection. comme suit: RSV a été détecté chez les enfants%, HBoV en%, adénovirus en%, PIV- en%, rhinovirus en%, hMPV en%, grippe A en%, PIV- en%, grippe B en%, HCoV-NL dans %, et HCoV conventionnel dans la réplicase une analyse de séquençage de gène a révélé qu’il s’agissait de HCoV-OC Les rhinovirus se sont révélés être associés au LRTI aigu à une fréquence relativement élevée La prévalence du hMPV était similaire à celle du virus de la grippe A -NL était présent à une faible prévalence dans le groupe d’étude

Tableau View largeDownload slideVirus identifiés chez des enfants précédemment sains atteints d’infections aiguës des voies respiratoires inférieuresTable View largeDownload slideVirus identifiés dans les aspirations nasopharyngées obtenus chez des enfants auparavant en bonne santé présentant des infections aiguës des voies respiratoires inférieures Distribution saisonnière Les distributions mensuelles des virus détectés pendant la période d’étude Les variations mensuelles du pourcentage des contributions aux LRTI viraux diagnostiqués variaient entre% et% Le nombre d’infections à VRS augmentait à la fin de l’automne et atteignait un sommet entre novembre et janvier. La prévalence de la PIV était d’avril à juin et le rhinovirus était détecté toute l’année. , avec un pic survenant à la fin de l’été et à l’automne La prévalence du hMPV a augmenté pendant la fin de l’hiver et a atteint son maximum entre février et avril. Les caractéristiques cliniques des enfants qui ont été testés pour ces virus sont résumées dans le tableau Les distributions d’âge des nourrissons et des enfants associés à chaque virus ont différé LRTIs causés par le RSV étaient prédominants chez les nourrissons plus jeunes âge moyen, en mois, comparé aux ITRI associés à l’adénovirus, à l’HBoV, au hMPV ou à l’influenza AP & lt; Pour chaque comparaison En particulier, une plus grande proportion d’infections à VRS se sont produites chez des nourrissons de plusieurs mois, comparativement à d’autres infections respiratoires aiguës associées au virus P & lt; En outre, les rhinovirus représentaient une plus grande proportion des ITSR chez les jeunes nourrissons que les adénovirus ou les HBoV P & lt; En revanche, adénovirus, hMPV et influenza A ont été plus fréquemment détectés chez les enfants & gt; mois

Tableau View largeTélécharger slideComparaison des caractéristiques des enfants atteints d’infections aiguës des voies respiratoires inférieures vis-à-vis des principaux virus respiratoiresTable View largeTélécharger slideComparaison des caractéristiques des enfants atteints d’infections aiguës des voies respiratoires inférieures vis-à-vis des principaux virus respiratoires

Figure Vue largeDownload distribution des enfants atteints d’infections des voies respiratoires inférieures associées à des agents viraux Le pourcentage de patients infectés par des virus individuels est indiqué pour chaque groupe d’âge La proportion de personnes infectées par chaque virus dans chaque groupe d’âge est de% aLa proportion des nourrissons âgés de plusieurs mois; P & lt; pour toutes les comparaisons entre le virus respiratoire syncytial RSV et les virus adénovirus, bocavirus, virus parainfluenza [PIV] -, virus grippal A, métapneumovirus humain [hMPV], ou coronavirus humain [HCoV] -NL; P & lt; pour le rhinovirus contre l’adénovirus ou le bocavirus, par le test exact de Fisher bComparaison de la proportion d’enfants & gt; mois; P & lt; pour le RSV contre l’adénovirus, le virus de la grippe A, le bocavirus ou le hMPV; P & lt; pour le rhinovirus par rapport à l’adénovirus ou au bocavirus; et P & lt; Répartition des enfants souffrant d’infections des voies respiratoires inférieures associées à des agents viraux Le pourcentage de patients infectés par des virus individuels est indiqué pour chaque groupe d’âge. La somme de la proportion de personnes infectées par des virus. chaque virus dans chaque groupe d’âge est% aLa proportion de nourrissons âgés de plusieurs mois; P & lt; pour toutes les comparaisons entre le virus respiratoire syncytial RSV et les virus adénovirus, bocavirus, virus parainfluenza [PIV] -, virus grippal A, métapneumovirus humain [hMPV], ou coronavirus humain [HCoV] -NL; P & lt; pour le rhinovirus contre l’adénovirus ou le bocavirus, par le test exact de Fisher bComparaison de la proportion d’enfants & gt; mois; P & lt; pour le RSV contre l’adénovirus, le virus de la grippe A, le bocavirus ou le hMPV; P & lt; pour le rhinovirus par rapport à l’adénovirus ou au bocavirus; et P & lt; Le diagnostic exact des patients atteints de LRTI associés à des virus courants est résumé dans le tableau. Une bronchiolite ou pneumonie a été fréquemment observée chez des patients avec des résultats positifs pour le RSV, HBoV, PIV-, hMPV ou rhinovirus. Parmi ceux-ci, le VRS et les rhinovirus étaient plus susceptibles de causer une bronchiolite, alors que selon notre définition, le VPH a tendance à causer une pneumonie. Le croup était fréquemment associé à la grippe A, PIV ou HCoV-NL. % ou enfants infectés par HCoV-NL% que chez ceux infectés par RSV%; P & lt; pour les deux comparaisons ou rhinovirus%; P & lt; La fréquence des râles était similaire pour tous les virus, tandis que la respiration sifflante était plus fréquente chez les patients infectés par le RSV que chez les patients ayant un LRTI associé à un adénovirus ou à l’hMPV. Aucune différence n’a été observée entre les enfants et les infections simples. d’infection par le HBoV Comme le montre le tableau, HBoV a été détecté chez les enfants% De ceux-ci,% ont été trouvés co-infectés avec d’autres virus HBoV a été identifié dans% des patients co-infectés avec & gt; Étant donné que les adénovirus étaient plus fréquemment observés chez les patients présentant des infections virales mixtes [%] que les autres virus, les résultats ci-dessus indiquent que l’HBoV était associé à des taux élevés d’infections mixtes. Les cas d’adénovirus, les cas de hMPV, les cas de VRS et les cas de PIV-HBoV ont été identifiés tout au long de l’année au cours de la période d’étude, avec un pic du nombre total d’isolats à partir du mois de mai. jusqu’en juillet, et l’âge moyen des enfants infectés par le HBoV était de plusieurs mois. Les diagnostics cliniques de LRTI associés au HBoV étaient la bronchiolite chez les patients%, la pneumonie chez les patients%, le croup chez les patients% et l’exacerbation chez les patients%

Discussion

hods De plus, des infections simultanées par d’autres virus sont souvent documentées; Dans cette étude, nous avons utilisé la RT-PCR multiplex, qui a été largement utilisée pour identifier les virus récemment reconnus, tels que hMPV, HCoV-NL et HBoV, afin de déterminer prévalence de ces virus et de réévaluer les prévalences de virus plus anciens, tels que coronavirus et rhinovirus, chez les enfants atteints de LRTI Onze virus testés ont été trouvés en% des patients Les caractéristiques cliniques des patients infectés par différents virus étaient relativement distinctes RSV, rhinovirus, et PIV- ont été fréquemment observés chez les patients atteints de bronchiolite En revanche, le virus de la grippe, PIV et HCoV-NL étaient des agents viraux majeurs du croup Bien que des études antérieures ont montré que le hMPV est plus susceptible d’être associé à une bronchiolite ou une bronchite sifflante que la pneumonie ou le croup , nous avons trouvé que le hMPV était fréquemment associé à la pneumonie virale dans cette cohorte. Cette observation peut refléter différen ces définitions diagnostiques ou étudier les populations entre les rapports; Néanmoins, la présente étude indique que le hMPV est un virus commun détecté chez les patients atteints de bronchiolite, car il a été détecté chez d’autres patients co-infectés par d’autres virus. Des études antérieures d’infections aiguës des voies respiratoires chez les enfants ont montré des taux de détection de HCoV -NL [,, -] En outre, bien que HCoV-NL puisse être associé à des infections bénignes des voies respiratoires supérieures, il a également été suggéré de contribuer au développement de la bronchiolite ou du croup La présente étude indique que HCoV-NL est En effet, HCoV-NL ne représentait que% des cas, et HCoV-OC était rare. Cependant, malgré le petit nombre d’enfants identifiés avec l’infection HCoV-NL, quand il était En outre, on a constaté que la proportion de cas de croup HCoV-NL-positifs était similaire à la proportion de cas causés par le virus de la grippe. r PIV-, qui sont les causes les plus communes de croup dans les saisons d’automne et d’hiver Ces résultats suggèrent que HCoV-NL est un agent étiologique important du croup au printemps en Corée. Notre étude a également plusieurs limitations Il était basé sur un analyse des échantillons sélectionnés à partir d’une liste de cas de LRTI aigu dans une base de données hospitalière Par conséquent, nous n’avons pas pu déterminer la prévalence populationnelle Les virus associés à une faible prévalence et des symptômes légers peuvent ne pas être complètement décrits. ont été sélectionnés dans chaque année d’étude; Ainsi, nous croyons que les données obtenues dans la présente étude peuvent représenter les activités globales des virus responsables de LRTI aiguës et leurs caractéristiques épidémiologiques. Au cours de la période d’observation, l’infection par le hMPV semble être rare au cours de la période. que les LRTI associés au hMPV sont sujets à des variations annuelles, ce qui contraste avec l’incidence annuelle relativement stable des infections à VRS Ces résultats peuvent être la conséquence d’observations fausses affectées par le biais de sélection de cette étude. dans d’autres études de périodes de seulement ou années et d’échantillons archivés pendant une période plus longue [,,] Des études prospectives supplémentaires sont nécessaires pour caractériser les caractéristiques épidémiologiques de l’infection hVVHBoV, un agent causal potentiel de LRTI, périodicité saisonnière démontrée pendant chaque année d’étude, avec un pic de prévalence de mai à juillet Le nombre d’infections à HBoV a atteint un sommet Au cours des mois de pointe, la prévalence totale des autres agents viraux à l’exclusion de l’HBoV était de% cas parmi les aspirats nasopharyngés, ce qui est inférieur au taux de détection global. Le taux de détection des virus pendant la même période augmentation de% à%, similaire à celle du taux de détection total de% Ces résultats suggèrent que l’HBoV est un agent viral majeur des épisodes respiratoires de la fin du printemps au début de l’été. Cependant, la question d’une relation causale reste non résolue. La détection de l’ADN de HBoV était associée à un taux de co-infection plus élevé que les autres agents viraux Comme démontré ci-dessus, la prévalence de la co-infection par HBoV était similaire à celle de l’adénovirus fréquemment observé en tant que copathogène. HBoV a également été trouvé avec d’autres agents avec des prévalences de% et% Ainsi, l’infection par le HBoV pourrait se produire accidentellement à une infection respiratoire s causée par d’autres agents viraux À l’heure actuelle, malgré la périodicité démontrée par l’HBoV, son rôle en tant que véritable agent pathogène demeure incertain. Des études supplémentaires sont nécessaires pour déterminer sa prévalence asymptomatique dans la population, sa pathogénicité et ses caractéristiques d’excrétion virale.

Remerciements

Soutien financier Ministère coréen de la santé et de la protection sociale – BM – Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: pas de conflits